Los antecedentes del PMC se inician con la participación del Dr. Víctor J. Jaramillo (CIEco, UNAM) en una reunión del North American Carbon Program en la Ciudad de Boulder, Colorado, E.U.A. en el 2001. Ahí se propuso crear un Programa Trinacional entre Canadá, Estados Unidos y México sobre estudios del ciclo del C. Se generó además, el primer directorio de investigadores mexicanos que estudian el ciclo del C, con la idea de convocar a un Taller Nacional para definir las prioridades de investigación con el apoyo del NACP. Sin embargo, el taller no se llevó a cabo como consecuencia de los atentados en Nueva York del 2001.
En el 2003 en la ciudad de Morelia, el Dr. Víctor J. Jaramillo convoca una Reunión Satélite dentro del Land Open Science Conforence, IGBP-IHDP con el objetivo de iniciar la organización del PMC. En esa ocasión se conformó una comisión de trabajo formada por el Dr. Ben de Jong (ECOSUR), Dr. Víctor J. Jaramillo (CIEco, UNAM) y el Dr. Arturo Muhlia (CIBNOR). Posteriormente, el Instituto Nacional de Ecología (INE) de la SEMARNAT convocó a dos reuniones durante el año 2004, una realizada el 4 de Octubre, con un número limitado de investigadores nacionales y la segunda el 18 de noviembre, con un mayor número de investigadores como resultado de haber mejorado el directorio de la comunidad científica nacional. En esta última reunión se creó el, cuyo objetivo principal fue estructurar, promover y convocar a la Primera Reunión de Investigadores para la Conformación del PMC.
La Primera Reunión para la Conformación del PMC se llevó a cabo en noviembre de 2005 en la Ciudad de México financiada por el INE-SEMARNAT. A esta Reunión asistieron 51 investigadores de 17 instituciones mexicanas. El resultado fue la creación formal del PMC.
A partir de esa fecha, el trabajo del Comité Científico se ha centrado en la organización del Programa, culminando en el Primer Simposio Internacional del C en México en octubre del 2009 en la ciudad de Ensenada, BC. Paralelo a este trabajo, también el comité científico ha estado participando en la creación del programa trinacional CarboNA (México, Estados Unidos y Canadá).
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